Se percibe una disminución en la cantidad y composición pesquera, como consecuencia de la aparición de la malla, que reemplazo la pesca tradicional reportándose un decrecimiento en el número y tamaño de especies como la gamitana (Colossoma macropomum), el pacamú (Zungaro zungaro), la piraiba (Brachyplatystoma filamentosum) y los pintadillos (Pseudoplatystoma tigrinum) (Durande 2003, Camacho 2006). Esta situación, ha conllevado al consumo de peces como el bacú (Pterodoras granulosus), branquiña (Potamorhina latior), el yabarache cascudo (Curimata spp.), la cucha y el temblón (Electrophorus electricus) (Durande 2003).

La sobrepesca de los grandes bagres en medio y bajo río Caquetá, particularmente del Lechero y dorado. La diminución poblacional de estas especies conlleva a deterioro de los ecosistemas en los que ellos habitan, debido a que cumplen funciones como el control poblacional de otros organismos. Por esto, es importante los esfuerzos de conservación con las comunidades, que incluyan acuerdos de pesca para mitigar estas acciones.

Amenazas como el deterioro y transformación de hábitats claves por deforestación; contaminación asociada con minería, agroquímicos y cultivos de uso ilícito y métodos de erradicación asociados con químicos tóxicos; cambio climático y la modificación de regímenes de lluvia y patrones de inundación.
Es necesario acuerdos de manejo para pesca y comercialización de peces ornamentales y de consumo, especialmente en lo que tiene que ver con épocas de veda, tallas mínimas de captura y lista oficial de especies permitidas para la comercialización